Em Varien_Db_Adapter_Pdo_Mysql
Magento 1.4 : lib/varien/Db/Adapter/Pdo/Mysql.php
definir
protected $_debug = true;
protected $_logAllQueries = true;
e (se ainda não estiver lá) crie a pasta definida em
protected $_debugFile = 'var/debug/sql.txt';
Dê permissão de leitura/gravação
