Eu me deparei com isso ontem à noite. Descobri que FIND_IN_SET funciona aqui:
SELECT * FROM table WHERE FIND_IN_SET(id, @parameter) != 0
...
intArray = new List<int>(){1,2,3,4};
conn.Command.Parameters.AddWithValue("parameter", string.Join(",", intArray));
Aparentemente, isso tem algumas limitações de comprimento (encontrei sua postagem procurando uma solução alternativa), mas isso pode funcionar para você.
