Acho que a vantagem de armazenar mais linhas (ou seja, normalizada) depende de considerações de design e manutenção diante da mudança.

Além disso, se as 140 colunas tiverem o mesmo significado ou se for diferente por experimento - modelando adequadamente os dados de acordo com as regras de normalização - ou seja, como os dados estão relacionados a uma chave candidata.

Quanto ao desempenho, se todas as colunas forem usadas, faz muito pouca diferença. Às vezes, uma operação de pivô/não pivô pode ser cara em uma grande quantidade de dados, mas faz pouca diferença em um único padrão de acesso de chave. Às vezes, um pivô no banco de dados pode tornar seu código de front-end muito mais simples e o código de back-end mais flexível diante da mudança.

Se você tiver muitos NULLs, talvez seja possível eliminar linhas em um design normalizado e isso economizará espaço. Eu não sei se o MySQL tem suporte para um conceito de tabela esparsa, que poderia entrar em jogo lá.