Problema com variável de retorno no bash

Uma maneira mais fácil é:

var=$(mysql -h abcdcef.com --port=3306 --user=root --password=hbbfe --batch --skip-column-names -Dshop -e "select count(*) from shop_tab where catalog <> ''")

Além disso, vou preconizar o uso da função para adicionar facilmente opções ao comando MySQL sem ter que modificar todo o seu script.

function MysqlQuery() {
    mysql -h abcdcef.com --port=3306 --user=root --password=hbbfe --batch --skip-column-names -D "$1" -e "$2";
}

va=$(MysqlQuery Shop "SELECT COUNT(*) FROM shop_tab WHERE catalog <> ''")
vaABC=$(MysqlQuery Shop "SELECT COUNT(*) FROM shop_tab WHERE catalog <> 'abc'")
vadef=$(MysqlQuery Shop "SELECT COUNT(*) FROM shop_tab WHERE catalog <> 'def'")
# ...

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