Potencialmente muito perigoso, porque você pode obter novamente um número que já está em uso.

O que você propõe é redefinir a sequência para 1 novamente. Ele produzirá apenas 1,2,3,4,5,6,7,.. e assim por diante, independentemente de esses números estarem em uma lacuna ou não.

Atualização: De acordo com a resposta de Martin, devido aos perigos envolvidos, o MySQL nem mesmo permitirá que você faça isso. Ele irá redefinir o contador para pelo menos o valor atual + 1.

Pense novamente no problema real que a existência de lacunas causa. Geralmente é apenas uma questão estética.

Se o número ficar muito grande, mude para um tipo de dados maior (o bigint deve ser suficiente).