Como você está executando no Tomcat, imagino que a melhor maneira de acessar o banco de dados seria escrever um webservice que tratasse da comunicação entre o aplicativo e o servidor.

O webservice será escrito em Java para rodar no TomCat usando JSP.

Suponho que você esteja tentando se comunicar diretamente com o banco de dados MySQL (ou seja, execute comandos SQL no banco de dados diretamente), mas não acho que você possa fazer isso (embora nunca tenha tentado ou pesquisado), sempre estive em a impressão de que você precisa de algum código no servidor para ficar no meio.