Pelo que me lembro, não há diferença. Mas veja você mesmo se:
explain plan for
SELECT * FROM `table` WHERE `unix_date` BETWEEN 1291736700 AND 1291737300
e:
explain plan for
SELECT * FROM `table` WHERE `unix_date` >= 1291736700 AND `unix_date` <= 1291737300
produzir os mesmos planos.
