Você pode desabilitar temporariamente as verificações de chave estrangeira no MySQL para executar operações que falhariam se essas verificações fossem habilitadas:
// Disable foreign keys check
Statement stmt = conn.createStatement();
stmt.execute("SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0");
stmt.close();
// Do your stuff
// Enable foreign keys check
Statement stmt = conn.createStatement();
stmt.execute("SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1");
stmt.close();
Observe que esta é uma configuração por conexão, então você precisa fazer todas as suas coisas usando o mesmo
conn objeto. 
