Entity Framework (versão 6.1.3) e MySQL Server (>=5.7.6)
Uma forma de resolver o problema é,
1. Open Services (services.msc) and restart MySQL57 service.
2. Execute the following commands in MySQL.
use <<database name>>;
set global optimizer_switch='derived_merge=OFF';
3. Update the .edmx.
É uma resposta tardia. Mas espero que ajude alguém.
Obrigado.