DELETE DupRows.*
FROM MyTable AS DupRows
INNER JOIN (
SELECT MIN(ID) AS minId, col1, col2
FROM MyTable
GROUP BY col1, col2
HAVING COUNT(*) > 1
) AS SaveRows ON SaveRows.col1 = DupRows.col1 AND SaveRows.col2 = DupRows.col2
AND SaveRows.minId <> DupRows.ID;
Claro que você tem que estender col1, col2 em todos os três lugares para todas as colunas.
Edit:Acabei de tirar isso de um script que mantenho e testei novamente, ele é executado no MySQL.