Você não encontrará a resposta na documentação do php porque isso não tem nada a ver com php ou pdo.

O mecanismo de tabela Innodb no mysql oferece 4 chamados níveis de isolamento de acordo com o padrão sql. Os níveis de isolamento em conjunto com leituras de bloqueio/não bloqueio determinarão o resultado do exemplo acima. Você precisa entender as implicações dos vários níveis de isolamento e escolher o apropriado para suas necessidades.

Resumindo:se você usar o nível de isolamento serializável com o autocommit desativado, o resultado será 12.000. Em todos os outros níveis de isolamento e serializável com o autocommit ativado, o resultado será 11.000. Se você começar a usar leituras de bloqueio, o resultado poderá ser 12.000 em todos os níveis de isolamento.