O MySQL não reduz o tamanho de ibdata1. Sempre. Mesmo se você usar optimize table para liberar o espaço usado dos registros excluídos, ele o reutilizará posteriormente.

Uma alternativa é configurar o servidor para usar innodb_file_per_table , mas isso exigirá um backup, descarte de banco de dados e restauração. O lado positivo é que o arquivo .ibd da tabela é reduzido após um optimize table .