Eu tive um problema semelhante e baixei o jar de http://mvnrepository.com/artifact/org.freemarker/freemarker que funcionou bem.

Quando você dá uma olhada em build.gradle no projeto DaoGenerator, você encontrará uma dependência que aponta exatamente para esse artefato. Acho que usar o gradle para construir seu projeto baixa automaticamente essas dependências, assim como o maven. Se você não quiser usar nenhum dos dois, provavelmente não há problema em baixar e incluir os artefatos manualmente.