Você pode criar um tipo composto como
CREATE TYPE triple AS (
a smallint,
b integer,
c integer
);
Então você poderia escrever a consulta assim:
SELECT *
FROM t
WHERE (t.one, t.two, t.three) = ANY (?::triple[]);
Você forneceria a matriz como uma única string que se parece com
{(11\,12\,13), (21\,22\,23)}
= ANY faz o mesmo que IN , mas pode ser usado com um array no lado direito. 
