Eu tive exatamente o mesmo problema com um banco de dados postgres e um aplicativo Django rodando com docker-compose.

Acontece que o Dockerfile do meu aplicativo estava usando um ponto de entrada no qual o seguinte comando foi executado:python manage.py flush que limpa todos os dados no banco de dados. Como isso é executado toda vez que o contêiner do aplicativo é iniciado, ele limpa todos os dados. Não tinha nada a ver com o docker-compose.