Reproduzi o problema no meu sistema,
postgres=# alter user my-sys with password 'pass11';
ERROR: syntax error at or near "-"
LINE 1: alter user my-sys with password 'pass11';
^
Aqui está a questão,
psql está pedindo entrada e você deu novamente a consulta alter veja
postgres-#
Por isso está dando erro no alter postgres-# alter user "my-sys" with password 'pass11';
ERROR: syntax error at or near "alter"
LINE 2: alter user "my-sys" with password 'pass11';
^
A solução é tão simples quanto o erro,
postgres=# alter user "my-sys" with password 'pass11';
ALTER ROLE