Ok, os passos abaixo resolveram o problema:
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Primeiro, precisamos descartar template1. Os modelos não podem ser descartados, então primeiro modificamos para que seja um banco de dados comum:
UPDATE pg_database SET datistemplate = FALSE WHERE datname = 'template1';
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Agora podemos descartá-lo:
DROP DATABASE template1;
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Agora é hora de criar o banco de dados do template0, com uma nova codificação padrão:
CREATE DATABASE template1 WITH TEMPLATE = template0 ENCODING = 'UNICODE';
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Agora modifique template1 para que seja realmente um template:
UPDATE pg_database SET datistemplate = TRUE WHERE datname = 'template1';
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Agora mude para template1 e VACUUM FREEZE o template:
\c template1
VACUUM FREEZE;
Problema deve ser resolvido.