O PostgreSQL não suporta o armazenamento de caracteres NULL (\0x00) em campos de texto (isto é obviamente diferente do valor NULL do banco de dados, que é totalmente suportado).

Fonte:http://www.postgresql.org/docs/9.1/static/sql-syntax-lexical.html#SQL-SYNTAX-STRINGS-UESCAPE

Se você precisar armazenar o caractere NULL, deverá usar um campo bytea - que deve armazenar o que quiser, mas não suportará operações de texto nele.

Dado que o PostgreSQL não o suporta em valores de texto, não há uma boa maneira de removê-lo. Você pode importar seus dados para bytea e depois convertê-los em texto usando uma função especial (em perl ou algo assim, talvez?), mas provavelmente será mais fácil fazer isso no pré-processamento antes de carregá-lo.