Para iniciar, parar, pausar, retomar ou reiniciar uma instância do Mecanismo de Banco de Dados do SQL Server:
- No menu Iniciar, aponte para Todos os Programas, aponte para Microsoft SQL Server 2012, aponte para Ferramentas de Configuração e clique em SQL ServerConfiguration Manager. Se a caixa de diálogo Controle de conta de usuário for exibida, clique em Sim.
- No SQL Server Configuration Manager, no painel esquerdo, clique em SQL Server Services.
- No painel de resultados, clique com o botão direito do mouse em SQL Server (MSSQLServer) ou em uma instância nomeada e clique em Iniciar, Parar, Pausar, Retomar ou Reiniciar.
- Clique em OK para fechar o SQL Server Configuration Manager.
De:Microsoft - Iniciar, Parar, etc. SQL Server
Você também pode fazer isso de dentro do SSMS:
No Pesquisador de Objetos, conecte-se à instância do Mecanismo de Banco de Dados, clique com o botão direito do mouse na instância do Mecanismo de Banco de Dados que deseja iniciar e clique em Iniciar, Parar, Pausar, Retomar ou Reiniciar.
Edit:Como Lamak mencionou, dentro do SQL Server Configuration Manager você pode alterar todos os serviços StartMode para "Manual" para que eles não iniciem na inicialização.