IMHO a solução mais fácil é:
- No phpmyadmin, selecione o banco de dados que você deseja truncar na lista de bancos de dados (lado esquerdo)
- Na visualização principal, role para baixo, você verá uma caixa de seleção "Marcar tudo" e, ao lado, uma caixa suspensa onde você pode selecionar "Esvaziar". Concluído.